Bevor man jedoch eine Überprüfung durch einen externen Anbieter anstrebt, sollte man einen internen Audit durchführen. Dabei kann man sich von fachkundigen Dritten (auch Zertifizierungsstellen) unterstützen lassen. Der interne Audit ist allerdings explizit kein Teil des eigentlichen Zertifizierungsprozesses. Bei diesem ersten Zugang sollen Fehler aufgedeckt werden, um so das Risiko zu mindern, im externen Audit durchzufallen. Nimmt man die Hilfe eines Experten wahr, kann dieser auch Tipps für die Umsetzung von ISO 50001 geben.
Erst nachdem man selbst sein System überprüft hat, beauftragt man einen Zertifizierer. Jeder Betrieb kann die Zertifizierungsstelle selbst wählen. Hierfür stehen verschiedene Unternehmen und Vereine bereit – am bekanntesten sind sicherlich die regionalen TÜV-Organisationen. Der Auditor nimmt in der ersten Stufe des Prozesses eine Dokumentenprüfung vor. Dabei überzeugt er sich davon, dass alle Schritte zur Umsetzung von ISO 50001 vollständig und richtig dokumentiert wurden.
Wenn man diese Stufe erfolgreich besteht, folgt relativ zeitnah die Überprüfung der zweiten Stufe. Sollte der Auditor allerdings Fehler feststellen, hängt es von der Schwere der Probleme ab, ob und wie es weitergeht. Sind zu viele Fehler gefunden worden, muss das Zertifizierungsverfahren abgebrochen werden. Sind Missstände allerdings nur im geringen Ausmaß vorhanden, hat das überprüfte Unternehmen bis zum zweiten Teil des Audits Zeit, die Fehler zu beheben.