Ein Honeypot kommt in der Regel als Ergänzung zu anderen IT-Sicherheitskomponenten wie dem Intrusion-Detection-System (IDS) und Firewalls zum Einsatz und bietet somit eine zusätzliche Kontrollfunktion. Ein zentraler Vorteil des Honeypottings ist der Gewinn von hochrelevanten Daten. Da Honeypots im Normalbetrieb keine Funktion übernehmen, stellt jede Aktivität in diesen Kontrollsystemen einen potenziellen Angriff dar. Sämtliche Daten, die durch Honeypots aufgezeichnet werden, sind somit sicherheitsrelevant. Werden hingegen Produktivsysteme überwacht, erfordert die Datenanalyse zunächst einen Arbeitsschritt, bei dem die für den Angriff relevanten Daten aus der Gesamtdatenmenge ausgefiltert werden.
Zu bedenken ist jedoch, dass nicht jeder Honeypot verwertbare Informationen liefert. Ist der Köder zu unattraktiv oder nur schwer erreichbar, finden möglicherweise keine Angriffe statt und die finanziellen und personellen Investitionen für die Bereitstellung des Sicherheitssystems laufen ins Leere.
Den möglichen Datengewinn durch Honeypots erkaufen sich Unternehmen zudem durch ein zusätzliches Risiko. Da Ablenksysteme Hacker gezielt ködern, besteht die Gefahr, dass diese bei einem Einbruch in den Honeypot weitere Schäden im Netzwerk anrichten. Reduzieren lässt sich dieses Risiko durch eine größtmögliche Trennung von Honeypots und Produktivsystemen und einer permanenten Überwachung aller Aktivitäten in den Ködersystemen. Wichtig ist zudem die Schadensbegrenzung nach außen. Um zu verhindern, dass Honeypots als Ausgangspunkte für Hackerangriffe auf andere Systeme missbraucht werden, sollten ausgehende Verbindungen auf ein Minimum reduziert werden.
Wird ein serverseitiger High-Interaction-Honeypot mit den gleichen Sicherheitssystemen wie das Produktivsystem ausgestattet, lässt sich dieser zur Qualitätssicherheit einsetzen. In diesem Fall erlauben die aufgezeichneten Daten einen direkten Rückschluss auf die Wirksamkeit des Sicherheitssystems. Wird ein Einbruch im Honeypot registriert, sollte überprüft werden, ob auch das Produktivsystem infiltriert wurde. Zudem müssen beide Systeme angepasst werden, um zukünftige Angriffe nach dem gleichen Muster abwehren zu können.