Mit JavaScript als Programmiersprache ist das MooTools-Framework in bester Gesellschaft. Zahlreiche sehr erfolgreiche Alternativen wie zum Beispiel AngularJS oder Ember.js zeigen, dass die Nachfrage nach JavaScript-Frameworks sehr groß ist. Die Skriptsprache ist ein unumstrittener Webstandard, den jeder gängige Browser unterstützt, und eignet sich hervorragend zur Realisierung interaktiver Website-Komponenten. Für jeden Webentwickler gehört die Sprache folgerichtig zum Pflichtrepertoire, auch wenn ihr standardmäßig beispielsweise ein klassenbasierendes Vererbungssystem fehlen. MooTools räumt mit dieser Problematik auf und vereinfacht dadurch die Programmierung wiederkehrender Elemente enorm.
Für den Besucher des Webprojektes scheint der Fokus auf einen clientseitig-ausführbaren Quellcode auf den ersten Blick auch ausschließlich von Vorteil zu sein: JavaScript-Elemente versprechen eine hohe Interaktivität der Webanwendung und gleichzeitig einen sehr guten Pagespeed. Dass die Aufgabe des Code-Kompilierens bei MooTools-Anwendungen hauptsächlich in den Aufgabenbereich der Clients fällt, birgt jedoch auch Probleme und Risiken. So sind die Ressourcen in besonderer Weise beansprucht, was bei leistungsschwachen Clients und Geräten schnell zu Performance-Einbußen oder gar dem Absturz der Website führen kann. Insbesondere mobile Geräte wie Smartphones, mit denen ein bedeutender Teil der User auf das World Wide Web zugreift, sind hiervon betroffen. Ferner entstehen bei diesen oftmals auch Komplikationen in Bezug auf gerätespezifische Komponenten wie Touchscreens oder die vergleichsweise kleinen Bildschirme, die nicht oder nur wenig im Vorhinein getestet werden.
Da das Ausführen von Codes immer auch das Risiko eines externen Zugriffs (Tracking, Phishing etc.) birgt, ist der Nutzer bei Webprojekten, die sich durch eine Vielzahl clientseitiger Programmierungen auszeichnen, in besonderer Weise gefährdet. Ein gewisser Teil der Internetnutzer greift aus diesem Grund zu Skriptblockern wie NoScript oder JS Blocker, die JavaScript- und andere Skripte blockieren, wenn die betreffende Website nicht manuell auf die Whitelist gesetzt wird. Es gilt also, ganz gezielt auf die Sicherheit Ihrer MooTools-Webanwendung zu achten, um die notwendige Vertrauensbasis zu schaffen und auch solche User mit Ihrem Angebot zu erreichen.