Indem Sie Heatmaps erstellen, um Nutzer und ihr Website-Verhalten zu analysieren, können Sie wertvolle Erkenntnisse über die Funktionsfähigkeit und Nutzerfreundlichkeit von Layout und Design gewinnen. Allerdings gilt es, wie so oft bei der Webanalyse, die Ergebnisse im richtigen Kontext einzuordnen und zu bewerten. Denn während Sie zwar recht aussagekräftige Eindrücke davon erhalten, wie oft ein Link angeklickt wurde, verrät eine Heatmap Ihnen nicht, ob der Nutzer nach dem Klick auch das gefunden hat, was er gesucht hat. Auch die Beweggründe für den Mausklick (Platzierung oder Auffälligkeit des Elements, Zufall) bleiben Ihnen verborgen.
Aus diesem Grund sollten Sie eine Heatmap-Analyse immer auch mit anderen Daten verknüpfen. Insbesondere die Absprungrate oder die Verweildauer auf der verlinkten Seite sind hierbei zu nennen. Eine hundertprozentig zuverlässige Aussage darüber, ob ein bestimmtes Element Ihres Webprojekts die gewünschte Usability besitzt, erhalten Sie letztlich aber nur, indem Sie Ihre Besucher direkt befragen.
Eine weitere Schwachstelle offenbart sich bei Websites mit einem geringen Besucheraufkommen: Je geringer der Traffic Ihrer Seite ist, desto weniger Aussagekraft haben die Ergebnisse der Heatmap-Analyse und desto größer ist die Chance einer Fehlinterpretation – ähnlich wie es z. B. auch beim A/B-Testing der Fall ist. Da jeder Besucher in der Beurteilung und Nutzungsweise Ihrer Webpräsenz unterschiedlich ist, benötigen Sie eine Fülle an Daten, die über einen längeren Zeitraum gesammelt wurden, um am Ende auch von einem eindeutigen Trend sprechen zu können. Problematisch ist der Einsatz von Heatmaps darüber hinaus bei dynamischen Webprojekten, deren Inhalt sich regelmäßig ändert. Sie können sich bei der Analyse zwar auf positionstreue Elemente wie Navigationsleisten konzentrieren, können den Einfluss des sich ändernden Contents allerdings nur schwer messen.