Eine Logfile-Analyse, die Daten der Website-Besucher beinhaltet, berührt immer auch Aspekte des Datenschutzes, wobei in diesem Zusammenhang insbesondere zwei Aspekte hervorzuheben sind: Zum einen punktet das Analyseverfahren durch die Möglichkeit, alle ermittelten Daten auf dem eigenen Server zu speichern. Hosten Sie Ihren Webserver – und damit verbunden das Logfile – bei einem externen Anbieter, sollten Sie sich genau darüber informieren, welche Leistungen für einen sicheren Datenschutz er bietet. Es ist wichtig, dass der Standort der Server in der EU, bestenfalls in Deutschland, liegt, damit Sie einen hohen Grad an Datenintegrität gewährleisten und die Privatsphäre Ihrer Besucher angemessen schützen können. Bei Tracking-Tools wie Google Analytics treten diesbezüglich immer wieder Bedenken auf – nicht zuletzt aufgrund der Tatsache, dass alle Nutzerinformationen auf den Servern des Großkonzerns abgelegt werden, die größtenteils in den USA beheimatet sind.
Der zweite wichtige Punkt betrifft die Frage nach dem Personenbezug der erhobenen Logfile-Analyse-Daten. Während Informationen wie die Zugriffszeit, aufgerufene Seiten oder den verwendeten Browser kaum Informationen zu der konkreten Person liefern, sieht die Situation hinsichtlich der aufgezeichneten IP-Adresse gänzlich anders aus: Vor allem bei statisch vergebenen IP-Adressen kritisieren Datenschutzexperten die zumindest theoretisch gegebene Möglichkeit, direkten Personenbezug herstellen zu können. Die Standortlokalisierung auf Basis der IP ist in Deutschland sogar gänzlich verboten. Generell wird Webmastern geraten, die Adressen in anonymisierter Form zu speichern und spätestens nach einer Woche zu löschen, sofern keine gesetzliche Aufbewahrungspflicht besteht.
Wer seine Logfiles auswerten möchte, hat diese Option allerdings nicht, da die Anonymisierung das Zusammenführen der verschiedenen Aktionen eines einzelnen Users verhindern würde. Um auf Nummer Sicher zu gehen, sollten Webseitenbetreiber die Nutzer stattdessen über die Aufzeichnung der IP-Adresse zu Analysezwecken unterrichten, wie es das Telemediengesetz (§13) vorschreibt.