Kommunikation, Werbung, Distribution und Vertrieb über mehrere Kanäle anstatt nur über einen abzuwickeln, geht mit einer komplexeren Logistik und einem höheren Steuerungsaufwand einher. Präsentiert man die verschiedenen Kanäle nicht in einem homogenen Corporate Image, kann es passieren, dass potenzielle Kunden irritiert werden und nicht mehr erkennen, dass das Produkt- und Dienstleistungsangebot zu ein und demselben Unternehmen gehört.
Ein weiterer Nachteil von Multichannel ist, dass die einzelnen Vertriebskanäle lediglich nebeneinander existieren, organisatorisch und informationstechnisch aber nicht miteinander verknüpft sind. Die fehlende Möglichkeit, innerhalb derselben Transaktion nach Belieben zwischen den favorisierten Kanälen hin und her zu wechseln (z. B. beim praktischen Click and Collect), kann deshalb für manche Konsumenten unattraktiv sein und dazu führen, dass sie lieber zu einem Konkurrenten wechseln, der ein ganzheitlicheres Kauferlebnis bietet (siehe Cross- und Omnichannel-Marketing weiter unten).
Dann wäre da noch das Diskussionsthema „Kannibalisierung“. Ein Beispiel: Verbraucher schließen DSL-Verträge entweder per Telefon, online oder in einer Filiale des Providers ab. In einer Multikanalstrategie wirtschaftet jeder dieser Kanäle für sich. So profitiert der stationäre Kundenberater nicht direkt davon, wenn sich ein potenzieller Kunde vor Ort beraten lässt und den Vertragsabschluss dann über die Firmen-Homepage abwickelt. In diesem Fall spräche man von einem Kannibalisierungseffekt: Das Geschäft und damit die Umsätze verlagern sich teilweise oder sogar vollständig von einem Kanal auf den anderen. Viele Ladenbesitzer beispielsweise befürchten eine Abwanderung von Kunden vom Offline- zum Onlinehandel. Mit Zahlen belegen lässt sich diese jedoch nur im begrenzten Maße.
Einige Studien zeichnen sogar ein gegenteiliges Bild: Konsumenten würden das Internet zwar als Recherchequelle nutzen, in 42 Prozent der Fälle aber lieber vor Ort kaufen, was in Fachkreisen als „ROPO-Effekt“ bezeichnet wird.