Die Ziele, die Anonymous mit seinen Aktionen verfolgt, sind sehr vielfältig und unterschiedlich. Zu Beginn zielten die Protestaktionen beispielsweise auf ein Verbot derChurch of Scientology sowie deren Einrichtungen und Praktiken ab. Denial-of-Service-Angriffe auf Websites der Organisation wurden hier mit Scherzanrufen und öffentlichen Protesten kombiniert. Wie bei diesem Beispiel geht es Anonymous in vielen Fällen konkret darum, dem ausgewählten Ziel auf direkte Weise zu schaden. Hierfür nutzt das Kollektiv seine Fähigkeiten häufig auch dazu, sensible Daten zu entwenden und zu leaken. In diesem Fall spricht man auch von Doxing.
Als wichtigste Ziele der Angriffe nennt Anonymous selbst alle Menschenrechtsverletzer, Diktatoren und Zensoren. Die dezentrale Struktur des Hacker-Konstrukts sorgt allerdings auch dafür, dass keine klare moralische Linie und Ideologie formuliert werden kann. Immer wieder musste sich Anonymous in den vergangenen Jahren aus diesem Grund auch von verschiedensten Aktionen distanzieren, die zwar im Namen des Kollektivs ausgeführt wurden, aber intern kaum auf Zustimmung getroffen haben.